CodeIgniterでデータベースのマイグレーションしたいじゃないですかー？
そうすると、migrationライブラリを読み込んでいろいろしたいけれど、ブラウザからコントローラーにアクセスしてやるのはナンセンスじゃないですかー？
そうなると、CLIになるじゃないですかー？

CodeIgniterのコントローラーでは、CLIからのアクセスのみに限定する方法があるので、マイグレーションはCLIからのみにします。$this->input->is_cli_request()で条件分岐すればよいです。
あと、マイグレーションファイルは既に書いているものとします。
これは、マイグレーションを実際に実行するコントローラーです。

<?php
class Migrate extends CI_Controller{

  public function __construct() {
    parent::__construct();
    $this->config->load('migration');
    $this->load->library('migration');
  }

  function migration() {
    if ($this->input->is_cli_request()) {
      $migrationVersion = $this->config->item('migration_version');
      if (!$this->migration->current()) {
        echo $this->migration->error_string();
        return;
      }
      echo "Migrate: #{$migrationVersion}\n";
    }
  }

  function rollback() {
    if ($this->input->is_cli_request()) {
      $migrationVersion = $this->config->item('migration_version');
      $rollbackVersion = $migrationVersion - 1;
      echo "Current Version: #{$migrationVersion}";
      if (!$this->migration->version($rollbackVersion)) {
        echo $this->migration->error_string();
        return;
      }
      echo "Rollback: #{$migrationVersion} -> #{$rollbackVersion}\n";
    }
  }
}

さぁこれで準備はできたかなーと思って、いざマイグレーション。

cd /path/to/codeigniter # CodeIgniterで作ったアプリのディレクトリ
php index.php migrate migration

エラーになりました。
Unable to connect to your database server using the provided settings.

ブラウザ経由だとエラーにならないだけに、謎だなーと思っていたのですが、config/database.phpのhostnameがlocalhostだと、エラーになるようです。127.0.0.1にしたら、通りました。

<?php  if ( ! defined('BASEPATH')) exit('No direct script access allowed');
$active_group = 'default';
$active_record = TRUE;

$db['default']['hostname'] = '127.0.0.1'; // localhost => 127.0.0.1に変更した
$db['default']['username'] = 'user';
$db['default']['password'] = 'password';
$db['default']['database'] = 'database';
$db['default']['dbdriver'] = 'mysql';
$db['default']['dbprefix'] = '';
$db['default']['pconnect'] = TRUE;
$db['default']['db_debug'] = TRUE;
$db['default']['cache_on'] = FALSE;
$db['default']['cachedir'] = '';
$db['default']['char_set'] = 'utf8';
$db['default']['dbcollat'] = 'utf8_general_ci';
$db['default']['swap_pre'] = '';
$db['default']['autoinit'] = TRUE;
$db['default']['stricton'] = FALSE;
$db['default']['port'] = 8889;

/* End of file database.php */
/* Location: ./application/config/database.php */

CLIもコントローラーでなんとかするという感じが微妙な感じがするCodeIgniterですが、マイグレーションくらいはCLIでやりたいから、これでいきましょうかねぇ。